ควายแบ่งได้เป็น 3 ประเภท คือ
1. ควายเอเชีย (Asiatic Water Buffalo-Bubalus bubalis)
1.1 ควายปลัก (Swamp Buffalo)
1.2 ควายแม่น้ำ (River Buffalo)
2. ควายแอฟริกา (Africa buffalo-Syncerus Caffer)
3. ควายแคระ (Anoas-Anoa)
1. ควายเอเชีย (Asiatic Water-Bubalus bubalis)
โดยทั่วๆไปแล้ว สามารถแบ่งควายได้เป็น 2 ประเภทใหญ่ๆ คือ
1.1 ควายแม่น้ำ (River or Riverine buffalo)
บางครั้งเรียก "ควายแขก" เพราะมีการเลี้ยงควายชนิดนี้มากในประเทศอินเดียและปากีสถาน มีชื่อวิทยาศาสตร์ คือ Bubalus bubalis จำนวนโครโมโซม 2n=50 ควายแม่น้ำจัดได้ว่าเป็นควายนม เนื่องจากมีขนาดเต้าใหญ่ และให้น้ำนมประมาณ 5 ลิตร/วัน
ลักษณะทั่วไป ข้อมีผิวหนังค่อนข้างดำ ขนยาว โครงสร้างใหญ่ เหนียงที่หน้าอกยาน ปลอกหุ้มลึงค์หย่อนยาวเหมือนโคซีบู
ควายแม่น้ำแบ่งเป็นกลุ่มได้ 5 กลุ่ม ดังนี้ (NRC, 1981)
- กลุ่ม Murrah มีพันธุ์ Murrah, Nili/Ravi, Kundi
- กลุ่ม Gujarat มีพันธุ์ Surti, Mehsana, Jafarabadi
- กลุ่ม Uttar Pradesh มีพันธุ์ Bhadawari, Tarai
- กลุ่ม Central Idian มีพันธุ์ Nagpuri, Pandharpuri, Manda, Jerangi, Kalahandi, Sambalpur
- กลุ่ม South Indian มีพันธุ์ Toda, South Kanara
1.2 ควายปลัก (Swamp buffalo)
มีชื่อวิทยาศาสตร์ คือ Bubalus bubalis เช่นเดียวกับความแม่น้ำ จำนวโครโมโซม 2n=48 ควายปลักมีการเลี้ยงกันมากในประเทศจีนตอนใต้ ประเทศในแถบเอเชียอาคเนย์ และออสเตรเลีย ควายไทยจัดเป็นประเภทควายปลัก เลี้ยงเพื่อใช้แรงงานและใช้เนื้อ
ลักษณะทั่วไปของควายปลัก มีดังนี้
2.1 รูปร่างหน้าตา
ควายมีรูปร่างอ้วนเตี้ย ลำตัวสั้น ท้องกางกลม ขาสั้น ส่วนหัวมีเขากางยาว ปลายโค้งงอไปด้านหลัง หน้าผากเรียบรี หน้าสั้นคอยาว ตัวผู้มีหนอก(wither) ที่เหนือหัวไหล่หรืออาจเรียกว่า ขึ้นเปลี่ยว คือ ร่างกายส่วนปั้นหน้าเจริญเต็มที่ ตัวผู้ขนาดใหญ่กว่าตัวเมีย
2.2 สี
ควายไทยมี 2 สี คือ ควายสีดำ และควายสีขาว ซึ่งมักเรียกกันว่า ควายเผือก สีของควายเป็นสีผิวหนังและสีขน แต่ควายปลักมีขนน้อย สีที่แสดงจึงเป็นสีผิวหนังเป็นส่วนใหญ่ ควายมีขนเพียง 25-40 เส้นต่อผิวหนังหนึ่งตารางนิ้ว ลูกควายเกิดใหม่จะมีสีเทา ขนค่อนข้างดกและยาวมีสีน้ำตาลแกมเทา ผิวหนังจะเปลี่นเป็นสีดำภายใน 1-2 สัปดาห์ ลักษณะเด่นของควายดำอีกอย่างหนึ่งคือ มีขนสีขาวรูปตัววี (V. Chevron) ขวางระหว่างส่วนคอกับส่วนอก และมักมีขนาดใหญ่กว่าควายทั่วๆไป ควายสีขาวหรือควายเผือก เป็นควายที่มีสีผิวหนังออกสีชมพูเรื่อ ขนสีขาว บางตัวมีสีดำปน แต่เขา กีบ และตาดำ มีสีดำ จึงไม่จัดเป็นควายเผือกตามหลักการโดยทั่วไป ดังนั้นจึงใช้ White buffalo แต่นักวิชาการบางตนเรียกว่า albinoid buffalo คือมีลักษณะคล้ายเผือก
2.3 ขวัญและเขา
ขวัญ(Hair whorl) เป็นลักษณะทั่วไปในควายไทย อยู่ในตำแหน่งต่างๆของร่างกายตั้งแต่ 1-9 ขวัญ พบมากที่หัว ไหล่ และซอกขา แต่มักไม่พบแถวคอ หน้าอกและหน้าแง
เขา โดยทั่วไปมีโคนขนาดใหญ่ ปลาเรียวแหลมขึ้นไปข้างหลัง โค้งงอคล้ายวงพระจันทร์ เขาควายมีลักษณะแบน สันเขาด้านนอกหนา ด้านในบาง มองดูด้านตัดของเขาควายจะเห็นเป็นรูปสามเหลี่ยม ที่ส่วนแบนของเขาควายอายุมากจะมีร่องและสันขึ้นสลับกันหลายสัน ใช้เป็นตัวบอกอายุควายอย่างคร่าวๆได้ โดย 1 สันเท่ากับ 1 ปี
2.4 ฟัน
ควายมีฟันบน 12 ซี่เป็นฟันกราม ไม่มีฟันหน้า และฟันล่ามี 20 ซี่ ซึ่งประกอบด้วยฟันหน้า 8 ซี่ และฟันกราม 12 ซี่(กรามหน้า 6 ซี่, กรามใน 6 ซี่) นอกจากนี้ฟันยังสามารถใช้ประกอบในการประมาณอายุของควายได้ โดยดูจากการขึ้นและการหักของฟันน้ำนม การสึกของฟันแท้ ดังนี้
ฟันน้ำนมหน้า คู่ที่ 1 ขึ้น เมื่ออายุแรกเกิด-1 สัปดาห์
ฟันน้ำนมหน้า คู่ที่ 2 ขึ้น เมื่ออายุ 2 สัปดาห์
ฟันน้ำนมหน้า คู่ที่ 3 ขึ้น เมื่ออายุ 3 สัปดาห์
ฟันน้ำนมหน้า คู่ที่ 4 ขึ้น เมื่ออายุ 3-4 สัปดาห์
ฟันน้ำนม คู่ที่ 1 หลุดเมื่ออายุ 2 ปี และฟันแท้คู่ที่ 1 ขึ้นแทนเมื่ออายุ 2 ปีครึ่ง-3 ปี
ฟันน้ำนม คู่ที่ 2 หลุดเมื่ออายุ 3 ปี และฟันแท้คู่ที่ 2 ขึ้นแทนเมื่ออายุ 3 ปีครึ่ง-4 ปี
ฟันน้ำนม คู่ที่ 3 หลุดเมื่ออายุ 4 ปี และฟันแท้คู่ที่ 3 ขึ้นแทนเมื่ออายุ 4 ปีครึ่ง-5 ปี
ฟันน้ำนม คู่ที่ 4 หลุดเมื่ออายุ 4 ปีิครึ่ง และฟันแท้คู่ที่ 4 ขึ้นแทนเมื่ออายุ 5 ปี-5 ปีครึ่ง
การประมาณอายุควายหลังจากนี้ไป อาศัยดูรอยศึกของฟันแท้คู่ต่างๆตามลำดับ และเวลาการขึ้นช้า-ขึ้นเร็วของฟันแต่ละคู่
2.5 อารมณ์และพฤติกรรม
ควายเป็นสัตว์ที่เชื่องและอ่อนโยน ถ้านำมาเลี้ยงแบบใกล้ชิด สามารถฝึกไว้ใช้งานและจูงไปไ้ด้ แต่ึควายที่เลี้ยงเป็นฝูงจะปราดเปรียว จับและควบคุมได้ยากกว่าควายตามบ้าน ควายเป็นสัตว์ที่มีสัญชาตญาณในการต่อสู้ป้องกันตัวสูงในภาวะที่มีภัยถึงตัว ควายจะชอบนอนแช่ปลัก โดยเฉพาะช่วงที่มีอากาศร้อน ถ้าไม่มีปลักให้แช่ แต่มีน้ำ ควายมักสร้างปลักเอง โดยลงนอนเกลือกกลิ้งในบริเวณที่มีน้ำแฉะๆจนเกิดเป็นแอ่ง และลักษณะการกินหญ้าของควาย จะกินหญ้าไม่เลือกและจะเล็มกินถึงโคน ทำให้เกิดปัญหาหญ้าตายเป็นหย่อมๆได้ และควายมักจะสร้างปลักในทุ่งนา
2. ควายแอฟริกา (Africa buffalo-Syncerus Caffer)
3. ควายแคระ (Anoas-Anoa)
